医药中间体生产过程中产生的废水具有排放量大、成分复杂、有机物浓度高、可生化性差等特点，导致处理的难度比较大。生化处理技术具有运行费用低、投资省、效率高等优点，被广泛应用于医药中间体废水的处理中。

医药中间体废水处理工艺流程是：采用“混凝+Fenton氧化+UASB+曝气生物滤池”工艺路线，废水处理站正常运行时，排放的生产废水首先通过企业污水管网经格栅由提升泵提升到调节池，后由提升泵提升到混凝沉淀池，开启搅拌器，用氢氧化钠调节，投加PAC和PAM后静置一段时间出水。混凝沉淀池出水经中间池进入到Fenton氧化池，先用盐酸调节，按一定比例投加硫酸亚铁与双氧水，搅拌，静置后出水。Fenton氧化池出水进入UASB，后提升到曝气生物滤池，经混凝、Fenton氧化、UASB、曝气生物滤池处理后的废水进入清水池出水达到污水综合排放标准，可外排也可消毒后进行回用。